С 1986 по 2001 гг. Конопля А.И. трижды избирался Советом университета на должность декана лечебного факультета, в течение 2001-2003 гг. был проректором по научной работе, а с 2003 г. по 2014 г. - проректором по учебной работе. При его активном участии вуз трижды прошел аккредитацию, внедрена система менеджмента качества.