С 1974 г. по 1978 г. работал врачом-дерматовенерологом в Белгородском областном кожно-венерологическом диспансере, а в 1978 г. поступил в очную аспирантуру на кафедру дерматовенерологии КГМИ.<br>
В кандидатской диссертации «Роль мембранных мукополисахаридов в патогенезе сифилиса» В.Е.Поповым впервые установлено наличие мукополисахаридного покрытия клеток крови больных сифилисом, что позволило на основе изучения цитолитической активности лейкоцитов установить патогенез угнетения иммунитета у больных сифилисом.<br>
В течение четырех лет В.Е.Попов возглавлял научно-исследовательский сектор КГМИ, затем работал ассистентом, доцентом кафедры дерматовенерологии, где после защиты докторской диссертации работает в должности профессора кафедры.<br>
По инициативе и под руководством В.Е.Попова в областном клиническом кожно-венерологическом диспансере внедрена бактериологическая диагностика гонореи, непрямая реакция иммунофлюоресценции для диагностики сифилиса, криотерапия дерматозов.