В 1990 году с отличием окончила КГМИ. С первого курса занималась в студенческом научном кружке. Исследования, начатые в студенческие годы, были продолжены ею в аспирантуре на кафедре нормальной физиологии под руководством профессора д.м.н. В.И. Комисарова. В 1994 году ею успешно защищена кандидатская диссертация, посвященная синтезу и изучению биологической активности новых производных N-2- (R-1-R′- бензимидазолил)-сукцинаминовых и малеинаминовых кислот. С 1993 г. Е.В. Авдеева - ассистент кафедры нормальной физиологии, с 1996 г - старший преподаватель. В 1998 г Елене Владимировне присвоено ученое звание доцента этой кафедры. В 2007 году Е.В. Авдеева защитила докторскую диссертацию. С 2008г - профессор кафедры нормальной физиологии КГМУ.

Работает в Курском государственном медицинском университете с 1985 г. С 2001 г. и по настоящее время – директор НИИ экспериментальной медицины КГМУ. Докторская диссертация «Принципы фармакологической коррекции эндотелиальной дисфункции препаратами с различными механизмами действия (экспериментальное исследование)» была защищена в 2009 г. В 2019 г. присвоено ученое звание доцента по специальности «Фармакология, клиническая фармакология».