В 1987 году закончила фармацевтический факультет Курского государственного медицинского института по специальности «фармация» и получила квалификацию «провизор». В 1989 году была принята на кафедру аптечной технологии лекарств КГМИ на должность ассистента. В период с 1991 по 1994 г. обучалась в очной аспирантуре на кафедре аптечной технологии лекарств. В 1995 г. успешно защитила кандидатскую диссертацию на тему «Исследование и разработка многокомпонентных мазей этония для лечения гнойно-воспалительных процессов» в г. Москва (НИИФ). С 1996 по настоящее время работает на кафедре микробиологии, вирусологии, иммунологии. В разные периоды работы занимала должности ассистента, старшего преподавателя, доцента. В 2005 году присвоено ученое звание доцента. В 2005 году получила квалификацию «врач-бактериолог», в 2012 году – «преподаватель высшей школы». В 2012 году успешно защитила докторскую диссертацию в г. Оренбург (ОрГМА). В настоящее время – и.о. заведующего кафедрой микробиологии, вирусологии, иммунологии КГМУ.

В 1990 году с отличием окончила КГМИ. С первого курса занималась в студенческом научном кружке. Исследования, начатые в студенческие годы, были продолжены ею в аспирантуре на кафедре нормальной физиологии под руководством профессора д.м.н. В.И. Комисарова. В 1994 году ею успешно защищена кандидатская диссертация, посвященная синтезу и изучению биологической активности новых производных N-2- (R-1-R′- бензимидазолил)-сукцинаминовых и малеинаминовых кислот. С 1993 г. Е.В. Авдеева - ассистент кафедры нормальной физиологии, с 1996 г - старший преподаватель. В 1998 г Елене Владимировне присвоено ученое звание доцента этой кафедры. В 2007 году Е.В. Авдеева защитила докторскую диссертацию. С 2008г - профессор кафедры нормальной физиологии КГМУ.