В 1996 г. принята на должность ассистента кафедры социальной медицины, экономики и управления здравоохранением КГМУ.
В 1998 г. переведена на вновь созданную кафедру социально-психологической реабилитации. Светлана Валерьевна активно принимала участие в становлении кафедры, создании ее учебно-методической, научно-практической и материально-технической базы.
В 2002 г. избрана старшим преподавателем кафедры социально-психологической реабилитации. С 2003 г. по настоящее время работает на кафедре социальной работы и безопасности жизнедеятельности в должности старшего преподавателя.
С 2006 г. является преподавателем по подготовке студентов факультета иностранных учащихся (социальная работа, лечебное дело).
Наряду с традиционными способами обучения Черней С.В. грамотно внедряет в образовательный процесс новые технологии обучения: мультимедийные пособия, деловые игры, круглые столы, использование ситуационных задач на практических занятиях, творческие задания по всем своим дисциплинам, имеет банк тестовых электронных заданий на русском и английском языке, который ежегодно пополняет.
Черней С.В. одновременно с научно-методической деятельностью активно занимается научно-исследовательской работой, является автором более 30 (35) научных статей и методических рекомендаций для студентов и преподавателей. При участии С.В. Черней разработаны и изданы учебные пособия для студентов факультета социальной работы, часть из которых отмечены почетными грамотами КГМУ:
- «Социальная статистика» (2011 г.);
- «Технология оценки качества подготовки социальных работников: сборник тестовых и контрольно-обучающих заданий» (2011 г.);
- Методические рекомендации по подготовке к итоговой государственной аттестации для студентов факультета социальной работы (2013 г.).
Являясь секретарем ГАК, курирует выполнение выпускных квалификационных работ студентами 4 курса факультета социальной работы, принимает активное участие в подготовке контрольно-измерительных материалов для проведения итоговой государственной аттестации: экзаменационных билетов, тестовых заданий, комплексных ситуационных задач. Активно принимает участие в работе методического совета факультета социальной работы.
В 2013 году назначена на должность начальника центра довузовской подготовки и профориентации. Под ее руководством сформирована система партнерства с различными учреждениями и организациями. Во взаимодействии с общеобразовательными организациями создается образовательное пространство, которое становится полем слияния интересов школьника, общеобразовательной организации и вуза.
За время ее работы в должности руководителя Центра довузовской подготовки и профориентации был расширен перечень дополнительных общеразвивающих программ, ориентированных на различные категории обучающихся, подготовлены учебные планы, рабочие программы, учебно-методические материалы.
В целях совершенствования профориентационной деятельности на довузовском этапе в 2019 году создан Предуниверсарий КГМУ, значительную часть разработки общей концепции его функционирования и организационной работы выполнено Черней С.В.
Является членом Общественного совета при комитете социального обеспечения, материнства и детства Курской области.

В 2008 г. признана «Лучшим преподавателем года» КГМУ.
В 2009 г. награждена нагрудным знаком «Добровольческая миссия» Курской области.
В 2010 г. награждена грамотой Комитета социального обеспечения Курской области.
В 2012 г. награждена грамотой Министерства образования РФ.