В 1964-1968 гг. студент Нежинского медицинского училища.
В 1968-1970 гг. служба в рядах СА.
Март 1968 - ноябрь 1968 г., январь - август 1971 года - помощник санитарного врача санитарно-эпидемиологической станции г. Борзна Черниговской области.
В 1971 поступил и в 1977 г. окончил КГМИ.
С 1977 г. аспирант кафедры анатомии человека.
В 1981 г. защитил кандидатскую диссертацию. После окончания аспирантуры - ассистент, с 1983 г. - ст. преподаватель. С 1991 г. доцент кафедры анатомии человека КГМУ. В январе 1999 г. избран на должность заведующего кафедрой анатомии человека.
С 1982 по 1986 гг. В.В. Харченко - декан факультета общественных профессий, с 1986 по 2001 гг. - заместитель декана лечебного факультета, с сентября 2001 г. - декан лечебного факультета, с 2012 по 2023 гг. - декан лечебного и педиатрического факультетов.

Основное научное направление, в разработке которого участвует В.В. Харченко, - морфология периферической нервной системы и путей микроциркуляции. Он опубликовал более 80 научных работ и более 75 работ учебно - методического характера. Соавтор пяти изобретений. В 2004 году защитил докторскую диссертацию на тему «Структурно-функциональные особенности различных зон слизистой оболочки полости носа человека в норме и при некоторых формах воспалительной патологии».
В.В. Харченко проводит большую организационную работу по повышению эффективности учебно- методической, научной и воспитательной деятельности, сплочению коллектива и созданию позитивного морально-психологического климата как на кафедре, так и на факультетах в целом. При его активном участии разрабатываются и внедряются современные информационные технологии обучения, совершенствуется материальная база наглядности учебного процесса.

За научную, педагогическую и административную работу имеет правительственные награды «Заслуженный работник высшей школы», медаль "За воинскую доблесть", знак А. Невского «За труды и Отечество», награжден почетными грамотами Министерства образования и науки РФ, Министерства здравоохранения РФ.
За многолетний добросовестный труд в области науки, народного образования, здравоохранения В.В. Харченко удостоен медали «Ветеран труда».