С 1974 г. по 1978 г. работал врачом-дерматовенерологом в Белгородском областном кожно-венерологическом диспансере, а в 1978 г. поступил в очную аспирантуру на кафедру дерматовенерологии КГМИ.
В кандидатской диссертации «Роль мембранных мукополисахаридов в патогенезе сифилиса» В.Е.Поповым впервые установлено наличие мукополисахаридного покрытия клеток крови больных сифилисом, что позволило на основе изучения цитолитической активности лейкоцитов установить патогенез угнетения иммунитета у больных сифилисом.
В течение четырех лет В.Е.Попов возглавлял научно-исследовательский сектор КГМИ, затем работал ассистентом, доцентом кафедры дерматовенерологии, где после защиты докторской диссертации работает в должности профессора кафедры.
По инициативе и под руководством В.Е.Попова в областном клиническом кожно-венерологическом диспансере внедрена бактериологическая диагностика гонореи, непрямая реакция иммунофлюоресценции для диагностики сифилиса, криотерапия дерматозов.

На протяжении многих лет научный интерес Владимира Евгеньевича направлен на внедрение инновационных технологий подготовки врачей; он является инициатором управления учебным процессом на кафедре дерматовенерологии с помощью мультимедийных тестовых технологий. По этой проблеме им защищена докторская диссертация на тему «Организационные технологии и системный анализ управления самостоятельной подготовкой студентов (на примере кадровой оптимизации в дерматовенерологии)».
Им впервые в университете изданы на электронных носителях и зарегистрированы в Информрегистре мультимедийные учебные пособия по дерматовенерологии для студентов, врачей и преподавателей высших и средних учебных заведений.
Владимир Евгеньевич является соавтором мультимедийного программного комплекса для контроля знаний "Exam Tool", который нашел широкое применение в организации мультимедийного тестирования уровня профессиональной подготовки студентов и врачей.
Под руководством Владимира Евгеньевича выполнены 2 кандидатские диссертации.

Награжден медалью «Ветеран труда»; знаками: «Ветеран КГМУ», «Отличник здравоохранения», «За труды и отечество»