2012-2014 гг. – санитар отделения общей онкологии ОБУЗ «Курский областной клинический онкологический диспансер».
2014-2019 гг. – медбрат отделения общей онкологии ОБУЗ «Курский областной клинический онкологический диспансер».
2017-2018 гг. – лаборант центра аккредитации и симуляционного обучения ФГБОУ ВО «Курский Государственный Медицинский Университет».
2017-2019 гг. – ординатор по специальности «анестезиология-реаниматология» ФГБОУ ВО «Курский Государственный Медицинский Университет».
Там же прошел первичную переподготовку по специальности «ультразвуковая диагностика».
2018 г. – н.в. – ассистент федерального аккредитационного центра ФГБОУ ВО «Курский Государственный Медицинский Университет».
2019-2022 гг. – врач-анестезиолог-реаниматолог АРО ОБУЗ «Курский областной клинический онкологический диспансер».
2020 г. – врач-анестезиолог-реаниматолог АРО для пациентов с Covid-19 №2 ОБУЗ «Областная клиническая инфекционная больница им. Н.А. Семашко».
2020-2022 гг. – врач анестезиолог-реаниматолог АРО для пациентов с Covid-19 №1, ОБУЗ «Курская городская клиническая больница скорой медицинской помощи».
2021 г. – прошел первичную переподготовку по специальности «Организация здравоохранения и общественное здоровье» на базе ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России.
2021 г. – н.в. – врач-анестезиолог-реаниматолог выездной бригады Территориального центра медицины катастроф ОБУЗ «КОМКБ».
2022 г. – н.в. – исполнительный директор Курского регионального отделения Общероссийской общественной организации «Российский Красный Крест».
2023 г. – н.в. – врач-анестезиолог-реаниматолог стационарного отделения скорой медицинской помощи ОБУЗ «КОМКБ».

В 2013, 2014 гг. – А.Ю. Гапонов принимал активное участие в подготовке и проведении Зимних Олимпийских Игр «Сочи-2014».
2015 г. – н.в. – является автором и руководителем образовательного проекта «Учения», поддержанного тремя грантами ФАДМ «Росмолодежь» и входящего в перечень приоритетных проектов Минздрава России. Проект предусматривает проведение кружков и олимпиад по темам экстренной медицинской помощи и медицины катастроф.
2017 г. – принимал активное участие в подготовке и проведении Всемирного фестиваля молодежи и студентов в г. Сочи.
2016-2020 гг. – являлся региональным координатором Курского отделения ВОД «Волонтеры-медики».
2016 г. – н.в. – является соавтором и ведущим образовательного YouTube канала «Urgent Care» – крупнейшего русскоязычного медицинского канала, поддержанного грантом ФАДМ «Росмолодежь» в 2020 году.
2022 г. – н.в. – осуществляет деятельность в составе Российского Красного Креста по реагированию на Украинский кризис и развитию федеральных и местных проектов.
2023 г. – принимал участие в осуществлении международной миссии по реагированию на землетрясение в Сирийской Арабской республике в г. Латакия.

В ходе осуществления своей профессиональной деятельности А.Ю. Гапонов удостоен следующих наград:
2018 г. – Нагрудный знак Курской области «Добровольческая миссия».
2020 г. – памятная медаль «Мы вместе» за борьбу с COVID-19.
2023 г. – памятная медаль «80 лет Курской битве».